1840年第一次鸦片战争后，清王朝陷入了内忧外患的境地，西方列强不断进行侵略和恫吓，1856年英法两国又发动了第二次鸦片战争，清王朝更是国力日衰。面对列强的威胁，朝廷中以恭亲王奕訢为首的改革派提出开展洋务运动，走富国强兵之路。
1866年，以左宗棠、沈葆桢为代表的改革派和以慈禧太后、倭仁为代表的保守派进行了反复、激烈的斗争，他们顶住了来自各方的压力，克服了种种困难，终于在福州马尾建造了造船厂，开设了船政学堂，造出我国第一艘具有当年先进水平轮船，培养出我国第一代海军。
32集电视剧《船政风云》真实地再现了这一阶段的历史，讴歌了左宗棠、沈葆桢等一批爱国者的历史功绩，突出表现了人民群众是创造历史的动力这一主题，以及人民群众的爱国主义精神和人民群众在历史发展进程中的历史地位和作用。
1866年春左宗棠就在福州设厂造船一事给朝廷上书，慈禧太后在恭亲王奕訢的力劝下同意左宗棠在福州设厂造船。8月，左宗棠亲至福州，购买民田200多亩做为厂基，又聘请法国人日意格，德克碑为正、副监督。正当筹备工作紧张进行时，清政府调左宗棠任陕甘总督，去西安镇压捻军起义。突然的变化使处于初创阶段的船政局工程面临夭折的危险，左宗棠表示决不半途而废，他向清廷保举原江西巡抚沈葆桢出任“总理船政大臣”。沈葆桢上任后积极筹备造船厂，设立船政学堂，以培养自己的造船工程师和海军军官；设置船政衙门，总理船政事务。面对来自至上而下守旧势力的干扰、破坏，英桂、沈葆桢等船政官员团结一致，共同奋斗，克服了一个又一个的困难。为了惩治以闽浙总督吴棠、布政使邓延楠等反对船政的贪官，沈葆桢果断处决了吴、邓的下属苏利和李有才，达到了以儆效尤的效果。洋监工日意格带领十几位专家和技工到来，马尾船厂正式开工造船。1869年第一艘具有先进水平的兵商两用轮船——万年清号成功下水，实现了船政大业。
沈葆桢拒绝了法国人驾驶轮船出海试航的要挟，亲自带领船政学堂培养的第一批中国未来的海军军官，登上“万年清”随船试航。并委托吴大廷随船北上天津卫接受朝廷检阅。
由于船政超支较多，沈葆桢奏请朝廷追加拨款，朝廷批准。沈顶住保守派压力，扩大造船厂，增加学堂，在合同期内共造各种兵船、商船15艘，为中国之最。
1874年5月，日本中将西乡从道下令路军少将谷干城、海军少将赤松则良率兵在台湾南端登陆。以强大的火力逼迫当地牡丹社投降，被打得狼狈后撤。由于汉奸的出卖，阿禄酋长不幸中弹牺牲。当地百姓化整为零，藏在密林中打击倭寇。1874年6月沈葆桢率领船政学堂的毕业生出兵台湾。沈到台后，确定了“驱倭抚番”的大计。他为安平炮台题写了“亿载金城”四个大字。就在沈葆桢一切部署完毕，等待向日寇发起致命一击时，收到了中日签订的《北京条约》，沈等官员悲痛万分。倭寇从台湾撤退后，沈葆桢制定了“开山抚番”的方针，开山修路，移风易俗，建设台湾、保卫台湾，逐渐实现了各民族的大融合。
为了学习西方各国的造船技术和驾船经验，朝廷批准船政学堂毕业生分别赴英、法等国学习。严崇光、刘步蟾等学成回国后都成为清政府海军骨干。
1884年7月法国远东舰队司令孤拔率领舰船闯入福建马尾港，利士比亲率四艘法舰驶往基隆，发起攻击。清政府急召刘铭传受命，加以巡抚全权督办台湾事务。刘铭传欣然受命，渡海抵达台湾，筹谋抗击法军，取得重大胜利。朝廷给于他们奖励。借口“基隆事件” 法国政府向清政府下达了最后通牒。8月23日下午法舰向中国军舰发动袭击，士兵临危不惧奋勇还击。由于李鸿章妥协退让，不许“轻言战事”，福建船政大臣何如璋不做戒备，还禁止军舰移动，使福建水师损失惨重。慈禧太后对马江之战11艘兵船损失和上千人伤亡的惨状伤感不已。面对法国人的嚣张气焰毅然决定对法宣战。授以左宗棠为钦差大臣，督办福建军务。孤拔命令利士比率八艘战舰向基隆发起猛攻，刘铭传作出“撤基援沪”决策，取得了有名的“沪尾大捷”。左宗棠率五千人马进入福建。他用明修栈道，暗渡陈仓的偷渡计，使援军安全抵台，在刘铭传指挥下粉碎了法国远东舰队侵台的梦想。孤拔亲率法远东舰队从基隆撤退后占领澎湖群岛身染赤痢去世。
左宗棠表示，为了让子孙后代永远不忘船政魂魄，一定要建造马江昭忠寺，将所有将士的英名刻碑留存。但当他看到屈辱的《中法会订越南条约》，气得顿时口吐鲜血，病逝福州。严复、詹天佑、邓世昌等船政学堂的毕业生及众乡亲为纪念马江之战建成昭忠祠，他们向烈士墓行大礼，祭奠烈士英魂。